SULM – Schweizerische Union für Labormedizin | Union Suisse de Médecine de Laboratoire | Swiss Union of Laboratory Medicine

Aktuelle Ausgabe | Numéro actuel

Nr. 6/2018 Die Analyse der Darmflora | Analyse du microbiote

Inhaltsverzeichnis | Sommaire

Editorial
Gilbert Greub
Die Analyse der Darmflora | Analyse du microbiote (pdf)
Während die Mehrzahl der Arbeiten über Mikrobiota ursprünglich aus der Grundlagenforschung stammte, hat die Mikrobiota- Analyse nun in der medizinisch-diagnostischen Mikrobiologie Einzug gehalten. In diesem Kontext erläutert der erste Artikel dieser Sonderausgabe den Begriff Metagenomik und beschreibt die Bedeutung der qualitativen Aspekte, um durch Einsatz dieser neuen Technologien zuverlässige Ergebnisse liefern zu können. Weiter geht es mit dem Nutzen der Mikrobiota-Analyse von Stuhlproben…

Theme
Gilbert Greub, Marta Rosikiewicz, Claire Bertelli
Mikrobiota-Analyse in einem diagnostischen Labor: Definitionen, Anwendungen und Qualitätsaspekte | Analyse du microbiote dans un laboratoire diagnostic : définitions, applications et aspects qualité (pdf)
Während der vergangenen zehn Jahre wurden in diagnostischen Labors zahlreiche neue Technologien eingeführt, mit deren Hilfe schneller mehr Informationen gewonnen werden können. Neben der Methode MALDI-TOF, die 2009 in die meisten Labors Einzug hielt, und der Automatisierung, die sich schrittweise von serologischen auf molekularbiologische und klassische mikrobiologische Labors (Mikroskopie und Kultur) ausweitete, hat die Ankunft der Hochdurchsatzsequenzierung ebenfalls dazu geführt, dass mehr Informationen aus der mikrobiologischen Zusammensetzung eines gegebenen Bereichs auf ausreichend schnelle und zuverlässige Weise gewonnen werden können, was sie zu einem leistungsfähigen Werkzeug der Diagnostik macht. Wir haben seit Beginn des Jahres 2012 in Lausanne die Bakteriengenomik sowie die Mikrobiota-Analyse entwickelt und konnten unser Labor für die Bakteriengenomik und Metagenomik dieses Jahr akkreditieren lassen. Die Bemühungen um die Akkreditierung haben es uns ermöglicht, die Anwendungen der Hochdurchsatzsequenzierung in der Diagnostik zu präzisieren und Protokolle äusserst genau zu definieren.

Gilbert Greub, Marta Rosikiewicz, Claire Bertelli
Analyse du microbiote dans un laboratoire diagnostic : définitions, applications et aspects qualité (pdf)

Kathryn J Burton
Laktoseverdauung und die Auswirkungen auf die Darmflora | Lactose digestion and the implications on the gut microbiota (pdf)
Die Laktoseverdauung beim Menschen ist von der Aktivität des Enzyms Laktase abhängig. Bei Erwachsenen liegt häufig eine Laktose-Maldigestion aufgrund einer physiologischen Abnahme der Laktase-Expression in der späten Kindheit vor. Eine derartige Störung der Laktoseverdauung kann aufgrund von im Darm vorhandener, unverdauter Laktose und den Produkten ihrer Fermentierung durch Darmbakterien Symptome einer Laktoseunverträglichkeit hervorrufen. Adaptive Veränderungen der Darmflora werden mit einer herabgesetzten Laktoseintoleranz assoziiert. Bakterien können über ihre Rolle bei der Laktoseverdauung im Darm hinaus auch in Milchprodukten zur «Vorverdauung » der Laktose eingesetzt werden und so die Unverträglichkeitssymptome verringern. Andere ernährungsbasierte Ansätze wie beispielsweise Präbiotika und Probiotika wurden auf ihre Fähigkeit zur Modulierung der Darmflora und der damit verbundenen verbesserten Laktoseverdauung hin untersucht. Die Vorzüge einer solchen Modulierung der Darmflora als Lösung für die Laktose-Maldigestion liegen zwar auf der Hand, allerdings müssen die Auswirkungen derartiger Strategien auf die Gesundheit noch untersucht werden.

Valentin Scherz, Claire Bertelli, Cristian Palmiere, Franco Taroni, Gilbert Greub
Mikrobiota und forensische Medizin: ein neues Beweismittel? | Microbiote et médecine forensique: une nouvelle évidence? (pdf)
Die Mikrobiota wird in zahlreichen Studien untersucht. Es soll dabei ein Zusammenhang zwischen dem Vorhandensein von bestimmten Bakterien bzw. deren Anzahl und einer gewissen klinischen Darstellung nachgewiesen werden. Die routinemässige Anwendung dieser Analysen in mikrobiologischen Labors ist jedoch noch sehr begrenzt. Unser Team für Genomik und Metagenomik am Institut für Mikrobiologie der Universität Lausanne im CHUV (Universitätsspital Lausanne) hat sich mit Spezialisten der Rechtsmedizin und der Kriminalwissenschaften zusammengetan, um gemeinsam zwei neue Anwendungsgebiete zu entwickeln. Dabei handelt es sich darum, die Diagnose von Todesfällen durch Ertrinken zu stützen und eine Methode anzubieten, um Menschen anhand biologischer Spuren voneinander zu unterscheiden. Dieser zweite Ansatz könnte sich bei der Unterscheidung eineiiger Zwillinge als nützlich erweisen, da sie auf der Grundlage menschlicher DNA nur sehr schwer zu unterscheiden sind.

Claire Bertelli, Gilbert Greub
Vom Trinkwasser zum Abwasser: Mikrobiota und Antibiotikaresistenz | De l’eau potable aux eaux usées : microbiote et antibiorésistance (pdf)
Industrielle Wasseraufbereitungssysteme zielen darauf ab, qualitativ hochwertiges Trinkwasser herzustellen, das die Bevölkerung tagtäglich sicher trinken kann. Abwasseraufbereitungsanlagen versuchen hingegen, die Menge an Fäkalbakterien zu reduzieren und chemische Stoffe im Abwasser weitestgehend zu eliminieren. In diesen industriellen Verfahren kommen zahlreiche Mikroorganismen zum Einsatz, die gelegentlich sogar zur Wasserbehandlung angewendet werden. Ihre Zusammensetzung und ihre Eigenschaften werden mithilfe neuester Technologien gründlich untersucht, um hochwertiges Trinkwasser zu garantieren und das Wasser in Seen und Flüssen auf eine akzeptable Qualität zu bringen. Die Anwendung der Metagenomik bei der Untersuchung dieser industriellen Verfahren zur Wasseraufbereitung kann eine Optimierung der Strategien ermöglichen. Dies mit dem Ziel, der Bevölkerung ein Trinkwasser von besserer Qualität zur Verfügung zu stellen, das den geltenden Sicherheitsnormen entspricht. Zudem erlaubt die Untersuchung von mikrobiellen Gemeinschaften und deren Zusammensetzung an antibiotikaresistenten Genen ein besseres Verständnis der Mechanismen, die es ihnen ermöglichen, bestehen zu bleiben und sich über lange Zeiträume weiter auszubreiten.

Pilar Junier, Christophe Paul, Thomas Junier
Sedimentmikrobiota: neuartiger Ansatz zur Rückverfolgung der Antibiotikaeinnahme in der Vergangenheit | Le microbiote du sédiment: une approche novatrice pour tracer la consommation passée d’antibiotiques (pdf)
Die Entdeckung von Antibiotika und deren Verwendung im Kampf gegen Infektionskrankheiten stellt einen der bedeutendsten Erfolge in der Geschichte der medizinischen Mikrobiologie dar. Bedauerlicherweise hat der teilweise missbräuchliche und gedankenlose Einsatz, insbesondere in der Lebensmittelindustrie und zu präventiven Zwecken, unausweichlich zur Herausbildung resistenter Mikroorganismen geführt. Seit Beginn der Verwendung von Antibiotika hat die Verbindung zwischen Medizin und Natur zu einer «evolutionären Erfahrung» geführt, mit der niemand gerechnet hatte. Eine Untersuchung der Ergebnisse aus dieser Erfahrung der Vergangenheit könnte zur Entwicklung und Umsetzung einer globalen Strategie beitragen, mit der künftig der Einsatz von Antibiotika besser in den Griff zu bekommen ist.

Gilbert Greub
Sur les traces d’Hannibal (pdf)

News
Gilbert Greub
Congrès annuel de la Société suisse de microbiologie (SSM) 2018 (pdf)

Gilbert Greub
KROBS: ein innovatives Spiel über Mikroben | KROBS: un jeu innovant sur les microbes (pdf)
Spielen ist ein einzigartiger Moment des Austauschs und der Interaktion, der die meisten von uns an ihre magischen Momente der Kindheit erinnert. In der Welt der Kinder sind Spiele weit verbreitet, sie lehren uns Reaktionsfähigkeit und Geschwindigkeit oder fördern strategische Aspekte und bringen neues Wissen ein. In gleicher Weise werden durch die Einhaltung der Regeln und durch den gegenseitigen Respekt zwischen den Spielern die Vermittlung wichtiger Werte wie Loyalität, Ehrlichkeit oder Solidarität gefördert. KROBS ist ein innovatives Spiel, das für bestimmte Krankheitserreger sensibilisiert und den Unterricht an Gesundheitsschulen unterstützt…

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pipette 06/2018: Die Analyse der Darmflora | Analyse du microbiote

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